A végrehajtás kulcsa a federált, de erősen koordinált portfólióirányítás.
A javasolt háromszintű, összehangolt működési modell: stratégiai szint (minisztérium), portfólióirányítási szint (NKFIH), végrehajtói társintézményi hálózat (HUN-REN, egyetemek, MFB, klinikai validáció, ipari konzorciumok).
A négy végrehajtó szervezet — HUN-REN, egyetemek, MFB-Hiventures, ipari konzorciumok — felelősségi körének részletes meghatározása a minisztériumi portfólióirányítási egység felé.
A működési modell négy formális koordinációs ciklusa: éves stratégiai ciklus, negyedéves portfólió-felülvizsgálat, havi végrehajtáskövetés, valamint éves portfólió-allokáció finomhangolás.
A portfólió teljesítményének mérésére háromszintű (ráfordítás–kimenet–eredmény) monitoringrendszer szükséges. Az adatforrások strukturált aggregációja a minisztériumi portfólióirányítási egységen keresztül történik (NKFIH háttérintézményi adatszolgáltatással).